水蛭是我国常用的一味传统的动物中药，其干燥全体作为中药，性平，味咸、苦，有小毒。具有破瘀消肿、结通经、消胀除积、逐出恶血、消炎解毒的功效。根据化学分析，其唾液中含有水蛭素，是一种抗血凝物质，  水蛭素能抑制凝血酶的活性，能阻止血液中纤维蛋白原凝固，抑制凝血酶与血小板的结合，具有极强的溶解血栓的功效。还能缓解动物的痉挛，降低血压，它还含有抗血栓  籟素、溶纤素、裂纤酶、肝素等。水蛭素有中医所说的活血化瘀的作用，在处理诸如败血休克、动脉粥样硬化、心血  ！管病、高血压、眼科疾病以及多种缺少抗凝血酶的疾病劢面，显示出巨大的优越性和广阔的前景。水蛭在临床上多   用于治疗经闭、症瘤腹痛、跌打损伤、淤血疼痛、消肿解毒、降低血压、漏血不止、心肌梗死、急性血栓静脉炎、产后血晕等病症。
我国很早就有用水蛭养殖入药的记载，据《农神本草经》记载，认为它有破血、逐瘀、通经的功能，常用于治疗血瘀闭经、跌打损伤等。而李时珍编著的《本草纲目》中，对水蛭都有详细的记载：水蛭名吱、至掌。大者名马蜞、马蛭、马鳖、蚂蟥。气味咸、苦，性平，有毒。主治逐恶血淤血月闭，利水道及痈肿、毒肿等。
近年来，有的研究人员以水蛭配其他活血解毒药，试用于肿瘤的治疗。水蛭加纯蜂蜜制成注射液，通过乏结膜注射可治疗角膜云缀、老年白内障。有的医生用活水蛭吸取的淤血或伤口脓血，使血管畅通，民间用水蛭治疗扁桃腺发炎、痔疮等。水蛭在再植或移植器官的过程中亦能起到较大的作用，可以大大地提高手术的成功率，这是由于医蛭吸血时唾液腺分泌抗凝剂水蛭素，以及扩张血管的组织胺类物质。  目前利用水蛭素生产的药品约1 00种，保健品也陆续开发上市。