水蛭的消化系统由口、  口腔、咽、食道、嗉囊、肠、直肠、肛门等8部分组成。水蛭的取食器官分为两类：棘蛭目和吻蛭，有奶水蛭目和咽蛭目，无吻。下面只介绍颚蛭目。颚蛭目虽无吻，但有一个肌肉质、能吸吮的咽部，在口腔内具有：个    學带齿的颚，一个在背中央，两个在侧面。颚上有细齿，吸血种类的齿小而尖，非吸血的齿大而钝。口腔后为一个肌    生肉质、圆筒式的咽，咽壁内有单细胞的唾腺，能分泌一种    蓬凝血的水蛭养殖素。咽下面是一段很短的食道，开口到一个  ，较宽而长的嗉囊，嗉囊两侧有1～11对向两侧伸展的盲  ：，最后一对盲囊很长，延伸至身体后端。嗉囊的功能是贮存食物，吸血种类的盲囊特别发达。
消化道的后三分之一是肠，肠与嗉囊之间有一个幽门括约肌，肠可以是一根简单的管道，也可以有4对细长的侧盲囊。肠是食物消化的主要场所，蛭类的消化道中很少有淀粉酶、脂肪酶、蛋白水解酶、肽链内切酶，至今发现的主要是肽链外切酶。有关研究证明，在消化道内有一类共生菌蛭假单孢杆菌分解蛋白质和脂肪。肠的后方是短的直肠，直肠之后为肛门，开口于后吸盘前面。