水体水色呈黑褐、红棕、浓黄色：养殖水色呈黑褐、红棕、浓黄色主要是因微囊藻、甲藻、三毛金藻成为水体中的优势种所致。水蛭养殖黄色水体尤其在pH值下降时易产生；而黑褐色水体多与投喂劣质饲料、残饵过多、水质和底质老化有关。因为许多鞭毛藻能分泌毒素，使水产动物神经受到麻痹，甚至中毒、死亡。
控制方案一：人工打捞。
控制方案二：经常开增氧机，通过曝气散发有毒气体。