冬季来临前，要做好种蛭的安全越冬工作。人秋后，气温降至10℃以下，水蛭开始停止摄食。人工养殖水蛭的越冬方法比较简单，可分为自然条件下越冬法和设施越冬法。一旦进入越冬状态，禁止进入池中越冬区域搅动，防止破坏水蛭越冬环境。
(1)自然越冬法①干池越冬：在人工养殖情况下，如外界温度低于10℃时，将池里水排干，在养殖池的上面和四周盖上一层稻草或塑料薄膜保温保湿，如遇阴雨冰冻天气，池内确保无明水出现。待翌年气温转暖后，水蛭能很快地出来活动、取食。这种自然越冬法，能避免大批水蛭冻僵或死亡，也节省费用、省力，适合于大面积商品水蛭的养殖。
②水蛭养殖技术深水越冬：带水越冬，一定要将池水适当加深至1. 2米，并经常破冰，保持水中有足够的溶解氧。
(2)设施越冬法①池内保护越冬：把种水蛭放在塑料薄膜棚内越冬。在池、沟的顶上用竹子或钢筋搭建成“人”字形顶棚，高度不宜过高。上面盖两层塑料薄膜，与池边连接成一密封的保温罩，利用充足的阳光取暖保温。在四周用泥将薄膜密封，薄膜上再盖一层疏网，以防大风把薄膜吹翻。棚四周要筑排水沟，防止雪水大量流入棚内。
当外界气温下降时，将薄膜密封，并盖上一层稻草帘子。晴天掀开，利用日照保温，也可通气。这种方法能保持一定的温度，大大地减少了种水蛭的死亡率。②温室大棚越冬：水蛭在温室大棚内挖池越冬，是保证蛭种高成活率的措施之一，但笔者在这里建议养殖者利用原有大棚、不用投资另当别论，新建大棚要做好成本核算。进入10月份以后，气温降至20℃以下时，即可将水蛭移入塑料大棚内的池内采用于法越冬。期间日常管理应密切注意温室内外温度的变化及增氧防风、抗寒等，以保障水蛭的正常越冬，可为翌年准备足够的蛭种。
(3)越冬期管理：水蛭在越冬期间，要密切关注一些天敌动物，如黄鼠狼、老鼠，杜绝进入水蛭冬眠池，以防冬眠水蛭被侵害。