在水蛭养殖过程中，防治与消灭敌害是重要一环，务必做好这一工作。水蛭的天敌主要有老鼠、蛇、蚂蚁、蛙、水蜈蚣、小龙虾、水鸟等动物，尤其是水蛭小苗，天敌更多。很多人养殖失败的主要原因就是在小苗的时候没有注意天敌的防除。这里需要提醒的是，水蛭天敌重在防不在治，水泥池养殖好点，但大池塘养殖这点一定更要注意。
1．老鼠
老鼠是水蛭的主要天敌，常会大量吞食水蛭，尤其水蛭在岸边活动时，因失去了防御能力而被鼠吞食。 
【防除方法】
(l)加固四周防逃设施，防止老鼠人内。
(2)在水蛭养殖池沟周围放上捕捉工具，如夹子、笼子及药物食料，最好放置在围网四周的角上。每天晚上放，早上收，但要注意避免伤及人，应设专人负责。
3)可以养猫，因为猫不吃水蛭。